...
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.3.3 | bioinfo/megalodon/2.3.3 |
Primjer skripte za opis poslova:
...
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s:
|
Instalacija
Preduvjet za instalaciju aplikacije Megalodon jest Guppy basecaller. Potrebni CentOS RPM paket se nalazi na: https://community.nanoporetech.com/downloads . Aplikacija se također povezuje na ZeroMQ biblioteku koja je instalirana iz Software collections repozitorija dodatnih paketa sustava CentOS 7. Sam a aplikacija Megalodon se distribuira se kroz Python paketni sustav PyPI. Na klasteru je instaliran u zasebnom Python virtual environmentu.
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
pip3 install numpy
pip3 install ont-pyguppy-client-lib==5.0.11
pip3 install megalodon==2.3.3 |