...
| Verzija | Modul |
|---|
| 2.9.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.9.0 |
| 2.10.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 |
Dostupne verzije BLAST DB:
| Verzija | Modul |
|---|
| v4 | bioinfo/BLASTDB/v4 |
| v5 | bioinfo/BLASTDB/v5 |
Primjer korištenja
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | program.sge |
|---|
|
module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0
blastp -help |
Prilikom učitavanja modula aplikacije, BLAST Databases v5 nalazi se na putanji /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5 te DB v5 putanja se pridružuje varijabli "BLASTDB" prilikom učitavanja modulaokruženja BLASTDB pomoću koje se onda može referencirati na istu. Ukoliko se želi koristiti BlastDB v4 učitajte module BLASTDBv4 "module load bioinfo/BLASTDB/v4".
U ovisnosti o BLAST DB v4, učitava se posebno module BLASTDBv4.
| Tip |
|---|
|
U ovisnosti o složenosti problema i načinu pokretanja, aplikacija može koristi značajne količine radne memorije te se preporučuje korištenje parametra "#$ -l exclusive=1". |
Testni primjer aplikacije.
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | blast.sge |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N blast
#$ -cwd
#$ -pe *mpi 8
#$ -l exclusive=1
module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0
blastp -db $BLASTDB/nr -query seq.fasta -num_threads $NSLOTS -out seq.out |
...
Instalacija
Prevođenje - verzija 2.10.0:
| Code Block |
|---|
module load intel/2019
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz
tar -xvf ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz
cd ~/ncbi-blast-2.10.0+-src/c++/compilers/unix
./ICC.sh
cd ../../ReleaseMT/build
make all_r -j 4
./install.sh ncbi-blast-bin --srcdir=.
# preuzimanje baze blastdp
cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB
update_blastdb.pl --blastdb_version 4 nr --decompress
cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5
update_blastdb.pl --blastdb_version 5 nr --decompress |
...