...
Cutadapt pronalazi i uklanja adapterske sekvence, prajmere, poli-A repove i druge vrste neželjenih sekvenci iz vaših očitavanja sekvenciranja visoke propusnosti. Često je potrebno čišćenje vaših podataka na ovaj način: očitanja iz sekvenciranja male RNA sadrže 3’ adapter za sekvenciranje jer je očitanje dulje od molekule koja se sekvencira. Očitavanje amplikona započinje sekvencom početnica. Poly-A repovi korisni su za izvlačenje RNK iz vašeg uzorka, ali često ne želite da budu u vašim očitanjima. Cutadapt pomaže u ovim zadacima skraćivanja pronalaženjem adaptera ili početnih sekvenci na način tolerantan na pogreške. Također može modificirati i filtrirati jednostrano i upareno čitanje na razne načine. Nizovi adaptera mogu sadržavati IUPAC zamjenske znakove. Cutadapt također može demultipleksirati vaša očitanja.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 4.9 | scientific/cutadapt/4.9 |  |  |
Službena dokumentacija
...