Opis

Cutadapt pronalazi i uklanja adapterske sekvence, prajmere, poli-A repove i druge vrste neželjenih sekvenci iz vaših očitavanja sekvenciranja visoke propusnosti. Često je potrebno čišćenje vaših podataka na ovaj način: očitanja iz sekvenciranja male RNA sadrže 3’ adapter za sekvenciranje jer je očitanje dulje od molekule koja se sekvencira. Očitavanje amplikona započinje sekvencom početnica. Poly-A repovi korisni su za izvlačenje RNK iz vašeg uzorka, ali često ne želite da budu u vašim očitanjima. Cutadapt pomaže u ovim zadacima skraćivanja pronalaženjem adaptera ili početnih sekvenci na način tolerantan na pogreške. Također može modificirati i filtrirati jednostrano i upareno čitanje na razne načine. Nizovi adaptera mogu sadržavati IUPAC zamjenske znakove. Cutadapt također može demultipleksirati vaša očitanja.

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
4.9scientific/cutadapt/4.9(error) (tick)
 

Službena dokumentacija

Primjer

cutadapt
#PBS -N cutadapt-test
#PBS -l select=1:ncpus=4
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/cutadapt/4.9

cutadapt.sh cutadapt -j $NCPUS -u -100 -o trimmed.fastq sample_1.fastq