...
Table of Contents |
---|
Opis
RELION (REgularized LIkelihood OptimizatioN) je aplikacija za obradu i analizu krioelektronskih mikroskopija (engl. cryo-EM) makromolekula. Cryo-EM je tehnika koja omogućuje određivanje trodimenzionalnih struktura bioloških makromolekula pomoću elektronskih mikroskopa.
Verzije
Verzija | modul | C/C++ kompajler | FFT knjižnice | Podrška | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
4.0.1 | scientific/relion/4.0.1- |
...
cuda | GNU ( |
...
8. |
...
5.0) |
...
Primjer
GPU
Tip |
---|
Grafički procesor definira se PBS opcijom |
Tip |
---|
Vrijednost OMP_NUM_THREADS preuzet će se iz zaglavlja skripte, odnosno po definiranju ncpus varijable. |
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s jednim grafičkim procesorom i četiri CPU jezgre.
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=4 module load "scientific/relion/4.0.1- |
...
cuda" cd ${PBS_O_WORKDIR} |
...
rm -rf out |
...
&& mkdir out relion_refine --gpu --j ${OMP_NUM_THREADS} --i Particles/shiny_2sets.star --o out/ |
Tip |
---|
Benchmarking set podataka za RELION možete preuzeti koriteći:
|