Table of Contents |
---|
Opis
CASTEP je aplikacija za simulaciju materijala na atomskoj razini, posebno usmjerena na proučavanje elektronske strukture i svojstava čvrstih tvari.
Warning | ||
---|---|---|
| ||
Korištenje CASTEP-a ograničeno je na registrirane korisnike. Više informacija na: |
Verzije
Verzija | Modul | Prevodioc | Podrška | Paralelizacija * | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
19.11 | scientific/castep/19.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
20.11 | scientific/castep/20.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
20.11 (non-SCF) |
| GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
21.11 | scientific/castep/21.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
22.11 | scientific/castep/22.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI |
Tip | ||
---|---|---|
| ||
* Svaka od spomenutih verzija ima paralelnu (MPI) verziju te serijsku verziju, budući da neki CASTEP-ovi alati za pred- i postprocesuiranje nisu paralelizirani. |
Službena dokumentacija
Primjeri
Note |
---|
Ukoliko primijetite sporo izvođenje na Padobranu, preporučuje se korištenje privremenog direktorija TMPDIR. Naime, ponekad input/output (čitanje/pisanje) može biti usko grlo u izvođenju posla. Prije pokretanja CASTEP-a iz privremenog direktorija, potrebno je tamo premjestiti sve potrebne input datoteke, npr.:
Po završetku izvođenja, potrebno je vratiti nazad željene output datoteke, npr.:
|
Napomene
Warning |
---|
Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se. Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije |
Paralelno izvođenje
Jedan čvor (Supek i Padobran)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednom čvoru, na sveukupno 32 procesorske jezgre, odnosno 32 MPI procesa. Sveukupno zatražena memorija iznosi 96 GB.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=32:mem=3gb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/castep/20.11-gnu mpiexec castep.mpi Cu |
Više čvorova (Supek)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na dva čvora, na svakom po 16 procesorskih jezgri, odnosno 16 MPI procesa. Zatražena memorija po čvoru (odnosno po chunku) iznosi 48 GB.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=2:mpiprocs=16:ncpus=16:mem=48gb #PBS -l place=scatter export OMP_NUM_THREADS=1 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/castep/20.11-gnu mpiexec castep.mpi Cu |
Serijsko izvođenje
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednoj procesorskoj jezgri.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu-single cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/castep/20.11-gnu castep.serial Si2 |