Versions Compared

Old Version 6

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

compared with

New Version 7

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Table of Contents

Opis

CASTEP je aplikacija za simulaciju materijala na atomskoj razini, posebno usmjeren na proučavanje elektronske strukture i svojstava čvrstih tvari.

Warning
titleVažno

Korištenje CASTEP-a ograničeno je na registrirane korisnike.

Više informacija na:

Verzije

VerzijaModulPrevodiocPodrškaParalelizacija *SupekPadobran
19.11scientific/castep/19.11GNUCPUSerijski + MPI(error) check mark button 
20.11scientific/castep/20.11GNUCPUSerijski + MPIcheck mark buttoncheck mark button 
21.11scientific/castep/21.11GNUCPUSerijski + MPI(error) check mark button 
22.11scientific/castep/22.11GNUCPUSerijski + MPI(error) check mark button 
Tip
iconfalse

* Svaka od spomenutih verzija ima paralelnu (MPI) verziju te serijsku verziju, budući da neki CASTEP-ovi alati za pred- i postprocesuiranje nisu paralelizirani.

Službena dokumentacija

Primjeri

Note

Ukoliko primijetite sporo izvođenje, preporučuje se korištenje privremenog direktorija TMPDIR. Naime, ponekad input/output (čitanje/pisanje) može biti usko grlo u izvođenju posla.

Prije pokretanja CASTEP-a iz privremenog direktorija, potrebno je tamo premjestiti sve potrebne input datoteke, npr.:

cp -r * ${TMPDIR} && cd ${TMPDIR}

Po završetku izvođenja, potrebno je vratiti nazad željene output datoteke, npr.:

cp -r * ${PBS_O_WORKDIR}

Paralelno izvođenje

Jedan čvor (Supek i Padobran)

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednom čvoru, na sveukupno 32 procesorskih jezgri, odnosno 32 MPI procesa. Sveukupno zatražena memorija iznosi 96 GB.

Code Block
languagebash
themeMidnight
titlePBS script
linenumberstrue
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:mem=3gb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11

mpiexec castep.mpi Cu

Više čvorova (Supek

i Padobran

)

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na dva čvora, na svakom po 16 procesorskih jezgri, odnosno 16 MPI procesa. Zatražena memorija po čvoru (odnosno po chunku) iznosi 48 GB.

Code Block
languagebash
themeMidnight
titlePBS script
linenumberstrue
#PBS -q cpu
#PBS -l select=2:mpiprocs=16:ncpus=16:mem=48gb
#PBS -l place=scatter
export OMP_NUM_THREADS=1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11

mpiexec castep.mpi Cu

Serijsko izvođenje

Ulazni, tj. input podaci mogu se preuzeti u tarball obliku, direktno sa službenih stranica CASTEP-a. Si2 je osnovno ime input datoteka, bez ekstenzija.

Code Block
languagebash
themeMidnight
titlePBS skripta
linenumberstrue
#PBS -q cpu

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11

castep.serial Si2