Table of Contents |
---|
Opis
Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.
Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.
Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija |
---|---|---|---|
22 | scientific/amber/22-gnu | CPU | MPI + OpenMP |
22 | scientific/amber/22-cuda | GPU + CPU | MPI + OpenMP |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
Warning |
---|
Podrazumijevano PBS ponašanje je „slobodno" razmještanje chunkova po slobodnim čvorovima. Zbog aktualnog cray-pals buga, trenutno je limitiran broj poslova koje se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit te proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se. Kako bi sigurno izbjegli bug, potrebno je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije |
CPU
U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 16 CPU jezgara.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=16:mem=500mb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-gnu mpiexec sander.MPI -A -i md.mdin -p 4LYT.parm7 -c 4LYT.heat.rst7 -cpin 4LYT.cpin -o 4LYT.equil.mdout -cpout 4LYT.equil.cpout -r 4LYT.equil.rst7 -x 4LYT.equil.nc -cprestrt 4LYT.equil.cpin |
GPU
Aplikaciju možete paralelizirati korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.
Single GPU
U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1:mem=2mb2gb cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |
Multi GPU
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će se svakom MPI procesu dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q gpu #PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1:mem=2mb2gb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda mpiexec pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |