...
Dostupne verzije i moduli
| Verzije | Module |
|---|---|
| RepeatModeler2 2.0.4 RepeatMasker 4.1.5 RepeatExplorer2 2.3.8 | bioinfo/RepeatTools/repeat_env |
Primjeri aplikacija:
Testni podaci: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/taxonomy/9785/
...
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/sh #$ -N explorer #$ -pe *mpisingle 20 #$ -cwd #$ -l memory=2 module load bioinfo/RepeatTools/repeat_env seqclust -c $NSLOTS -r 41943040 GCF_000001905.1_Loxafr3.0_genomic.fna |
| Note | ||
|---|---|---|
| ||
Repeat explorer koristi cijelu dostupnu memoriju po zadanim postavkama. Potrebno je odrediti broj maksimalne količine memorije u kB, u primjeru smo odredili 20(CPU) * 2 GB RAM-a = 40 GB ili 41943040 kB. |