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#PBS -q gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=8 #PBS -N gmx MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2022.5-gnucuda gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
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Code Block | ||||||
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#PBS -q gpu #PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=4 #PBS -N gmx MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2022.5-gnucuda mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
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