...
GROMACS je aplikacija otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
CPU
...
| verzija | modul | paralelizacija | uključuje PLUMED |
|---|---|---|---|
| 2022.5 | scientific/gromacs/2022.5-gnu | MPI + OpenMP | v2.8.2 |
| 2023.1 | scientific/gromacs/2023.1-gnu | MPI + OpenMP | v2.9.0 |
GPU + CPU
| verzija | modul | paralelizacija | uključuje PLUMED |
|---|---|---|---|
| 2022.5 | scientific/gromacs/2022.5-cuda | MPI + OpenMP | - |
| 2023.1 | scientific/gromacs/2023.1-cuda | MPI + OpenMP | - |
Službena dokumentacija
...
| Tip |
|---|
Kad u zaglavlju PBS skripte definirate vrijednost varijable |
CPU
MPI + OpenMP
Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.
...