Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

TURBOMOLE je zatvorenog koda, a može se paralilizirati na paralelizirati na OpenMP ili MPI razini.

Verzije

...

Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada, a provodi optimizaciju jednostavne organske molekule. Unutar GUI aplikacije TmoleX, učitane su koordinate molekule, a aplikacije je potom postavke simulacije (metoda, uvjeti... ) pohranila u control datoteku.

Ključna riječ, odnosno TURBOMOLE naredba jobex poziva se u direktoriju u kojem se nalaze ostale input datoteke.

Code Block
languagebash
titleBash skripta
linenumberstrue
#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=4

${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/turbomole/7.7

export PARA_ARCH=SMP
export PARNODES=4$OMP_NUM_THREADS
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0

jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3

...