...
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 8 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -N gmx
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2022.5-gnu
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
.MPI
Ako aplikaciju ne želite dijeliti u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpugpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=8 #PBS -N gmx MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2022.5-gnu gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpugpu #PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=4 #PBS -N gmx MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2022.5-gnu mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...