...
Primjeri
GPU
CPU
U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 16 CPU jezgara.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16
#PBS -N pmemd
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/amber/22-gnu
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} \
sander.MPI -A -i md.mdin -p 4LYT.parm7 -c 4LYT.heat.rst7 -cpin 4LYT.cpin -o 4LYT.equil.mdout -cpout 4LYT.equil.cpout -r 4LYT.equil.rst7 -x 4LYT.equil.nc -cprestrt 4LYT.equil.cpin |
GPU
Aplikaciju Amber proračun možete paralelizirati korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.
Single GPU
U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -q gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1 #PBS -N pmemd MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |
Multi GPU
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će se svakom MPI procesu dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q gpu
#PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1
#PBS -N run-pmemd
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/amber/22-cuda
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} \
pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |
...