...
Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.
| Tip |
|---|
| GROMACS preporuča preporučuje između 2 i 8 threadova po MPI procesu. |
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -N run-gmx
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2022.5-gnu
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
MPI
Ukoliko Ako aplikaciju ne želite dijeliti aplikaciju u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=32:ncpus=1 #PBS -N run-gmx MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2022.5-gnu mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
OpenMP
Ukoliko Ako aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=32 #PBS -N run-gmx MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2022.5-gnu gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...
Aplikacija podržava rad s grafičkim procesorom, odnosno rad s više grafičkih procesora.
| Warning |
|---|
GPU iskorištenje je se u slučaju korištenja više grafičkih procesora relativno malo i kreće se do maksimalno 50% (kod korištenja 2 GPU-a) u većem broju testiranih primjera. Iz tog razloga, razmotrite korištenje jednog grafičkog procesora i više procesorskih jezgri. GPU iskorištenje se u slučaju korištenja 1 GPU + 8 CPU kreće i do 85%. |
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=8
#PBS -N run-gmx
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2022.5-gnu
gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=4
#PBS -N run-gmx
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2022.5-gnu
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...