...
Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
| verzija | modul | podrška | paralelizacija |
|---|---|---|---|
| 22 | scientific/amber/22-gnu | CPU | MPI + OpenMP |
| 22 | scientific/amber/22-cuda | GPU + CPU | MPI + OpenMP |
Službena dokumentacija
Primjeri
GPU
Amber proračun možete korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će svaki koristiti 1 GPU i 1 CPU jezgru.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q gpu
#PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1
#PBS -N run-pmemd
#PBS -j oe
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/amber/22-cuda
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth \
pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |