...
bwa-mem2 je novija verzija bwa-mem algoritma. Proizvodi poravnavanje (alignment) identično bwa i brži je ~1.3-3.1x ovisno u use-caseu, setu podataka i mašini na kojoj se izvodi.
Verzije
Verzija | Modul |
---|---|
2.2.1 | scientific/bwa-mem2/2.2.1 |
Službena dokumentacija
...
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N index #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=8:mem=100GB cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/bwa-mem2/2.2.1 bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta |
...
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N mapping
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=40:mem=100GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/bwa-mem2/2.2.1
bwa-mem2 mem -t $NCPUS human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d4_align.sam
|
...