Table of Contents |
---|
Opis
xTB (engl. extended Tight-Binding) je aplikacija za računalnu kemiju koja omogućava relativno brze izračune molekulskih struktura i svojstava. Temelji se na tzv. "tight-binding" aproksimaciji elektronske strukture molekula, koja pruža dobru ravnotežu između točnosti i brzine izračuna.
Neki od primjena su izračuni optimalne geometrije molekule, vibracijskih frekvencija, dipolnih momenata, simulacija kemijskih reakcija izračunavanjem reakcijskog puta i energetskih barijera između različitih prijelaznih stanja molekule itd.
xTB je aplikacija otvorenog koda, a podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
verzija | modul | paralelizacija |
---|---|---|
6.4.0 | scientific/xtb/6.4.0-gnu | OpenMP |
6.5.1 | scientific/xtb/6.5.1-gnu | OpenMP |
6.6.0 | scientific/xtb/6.6.0-gnu | OpenMP |
Službena dokumentacija
Primjeri
Tip |
---|
Kad u zaglavlju PBS skripte definirate vrijednost varijable |
OpenMP
Za uspješno izvršenje aplikacije morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u aplikacija radi s dijeljenom memorijom.
Tip |
---|
xTB će vrijednost |
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N run-xtb
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/xtb/6.6.0-gnu
xtb C2H4BrCl.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight --alpb chcl3 --namespace C2H4BrCl-opt |