Image Added
Opis
GROMACS je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula, kao što su proteini, a može se smatrati besplatnom alternativom komercijalnom Amberu.
GROMACS se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja atoma, molekule. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.
GROMACS je aplikacija otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
verzija | modul | paralelizacija | red poslova |
---|
2022.5 | scientific/gromacs/2022.5-gnu | MPI + OpenMP | -q cpu |
2023 | scientific/gromacs/2023-gnu | MPI + OpenMP | -q cpu |
Službena dokumentacija
Primjeri
Tip |
---|
Kad u PBS zaglavlju definirate vrijednost varijable ncpus , u okolinu se automatski doprema ista vrijednost OMP_NUM_THREADS varijable. |
MPI + OpenMP
Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.
Tip |
---|
GROMACS preporuča između 2 i 8 threadova po MPI procesu. |
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 8 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | PBS skripta |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -j oe
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2023-gnu
# Produkcijska faza
gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
MPI
Ukoliko aplikaciju ne želite dijeliti aplikaciju u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | PBS skripta |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:ncpus=1
#PBS -j oe
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2023-gnu
# Produkcijska faza
gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
OpenMP
Ukoliko aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.
Tip |
---|
GROMACS će vrijednost OMP_NUM_THREADS dobiti po definiranju ncpus varijable u zaglavlju skripte. |
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 OpenMP threada.
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | Bash skripta |
---|
linenumbers | true |
---|
|
#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32
#PBS -j oe
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2023-gnu
# Produkcijska faza
gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr
gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
Napomene
Novosti i promjene
- 1.1.1971 - Proin eget justo rhoncus, lobortis mauris sed, congue tellu
- 1.1.2051 - Duis auctor est sit amet leo dignissim interdum.