...
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N mmseq2-test #$ -cwd #$ -pe p28-mpifullmpi 2030 module load bioinfo/MMseqs2/14-7e284 RUNNER="mpirun -np $NSLOTS" mmseqs easy-search examples/QUERY.fasta examples/DB.fasta alnRes.m8 --threads 1 tmp |
Primjer 2.
Info | ||
---|---|---|
| ||
U ovom primjeru se zauzima jedan cijeli čvor sa kombinacijom np x threads, umnožak dvaju vrijednosti mora biti jedank 28. |
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N mmseq2-test
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 28
module load bioinfo/MMseqs2/14-7e284
RUNNER="mpirun -np 7" mmseqs easy-search examples/QUERY.fasta examples/DB.fasta alnRes.m8 --threads 4 tmp Apllikacija koristi mpirun, stoga je potrebno paziti na broj traženih jezgri. Vodi se kao np x threads. |
Instalacija
- Korišten je prevodioc gcc/9
- Za mpi je korišten mpi/openmpi41-intel-x86_64
...