Opis
popVAE uklapa varijacijski autokoder (VAE) u skup genotipova i ispisuje latentni prostor.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 1.1 | scientific/popvae/1.1 |  |  |
Dokumentacija
Primjer
- Testni podaci: https://github.com/kr-colab/popvae/tree/master/data/pabu
- popvae nema mogućnosti ograničavanja uporabe dretvi, stoga cgrupe oraničavaju
popvae-run.pbs
#PBS -N popvae-test #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=12 cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/popvae/1.1 popvae.sh popvae.py --infile data/pabu/pabu_test_genotypes.vcf --out out/pabu_test --seed 42 --patience 300