Opis

HMMER se koristi za pretraživanje baza podataka sekvenci za homologe sekvenci i za usklađivanje sekvenci. Implementira metode koje koriste probabilističke modele koji se nazivaju profil skriveni Markovljevi modeli (profil HMM). HMMER se često koristi zajedno s bazom podataka profila, kao što je Pfam ili mnoge baze podataka koje sudjeluju u Interprou.

Ali HMMER također može raditi sa sekvencama upita, ne samo s profilima, baš kao BLAST. Na primjer, sekvencu upita proteina možete pretraživati ​​u bazi podataka s phmmerom ili napraviti iterativno pretraživanje s jackhmmerom. HMMER je dizajniran za otkrivanje udaljenih homologa što je moguće osjetljivije, oslanjajući se na snagu svojih temeljnih modela vjerojatnosti. U prošlosti je ova snaga dolazila uz značajne troškove računanja, ali od novog projekta HMMER3, HMMER je sada u biti jednako brz kao BLAST.


Verzije

VerzijaModulSupekPadobran
3.4scientific/hmmer/3.4 (error) (tick)


Službena dokumentacija


Primjer korištenja

  • Dostupne baze za korištenje
    • PFAM
hmmer-example
#!/bin/bash

#PBS -N hmmer-test
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=8

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/hmmer/3.4

hmmsearch --cpu $NCPUS $HMMDB/pfam/Pfam-A.hmm globins45.fa


  • No labels