Opis

CD-HIT je široko korišten program za klasteriranje bioloških sekvenci kako bi se smanjila redundantnost sekvenci i poboljšala izvedba drugih analiza sekvenci. CD-HIT je izvorno razvijen za klasteriranje proteinskih sekvenci za stvaranje referentnih baza podataka sa smanjenom redundancijom (Li, et al., 2001.), a zatim je proširen za podršku klasteriranju nukleotidnih sekvenci i usporedbu dva skupa podataka (Li i Godzik, 2006.). Web poslužitelj CD-HIT implementiran je 2009. godine, što korisnicima omogućuje grupiranje ili usporedbu sekvenci bez upotrebe CD-HIT-a iz naredbenog retka. Poslužitelj nudi interaktivno sučelje i dodatne alate za vizualizaciju.


Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
4.8.1scientific/cd-hit/4.8.1(error) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer

Primjer je napravljen po uzoru:

#!/bin/bash

#PBS -N cd-hit-test
#PBS -l select=1:ncpus=12
#PBS -q cpu_180

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/cd-hit/4.8.1

cd-hit.sh cd-hit -i test.fa -o db100 -c 1.00 -n 5 -M 2000 -T $NCPUS