Opis

BCFtools je skup uslužnih programa koji manipuliraju varijantnim pozivima u Variant Call Formatu (VCF) i njegovom binarnom parnjaku BCF. Sve naredbe transparentno rade s VCF-ovima i BCF-ovima, nekomprimiranima i BGZF-komprimiranima. Većina naredbi prihvaća VCF, bgzipped VCF i BCF s automatskim otkrivanjem vrste datoteke čak i pri strujanju iz cijevi.

 Indeksirani VCF i BCF će raditi u svim situacijama. Neindeksirani VCF i BCF i streamovi će raditi u većini, ali ne u svim situacijama. Općenito, kad god se više VCF-ova čita istovremeno, oni moraju biti indeksirani i stoga također komprimirani. (Imajte na umu da se datotekama s nestandardnim nazivima indeksa može pristupiti kao npr. "bcftools view -r X:2928329 file.vcf.gz##idx##non-standard-index-name".) BCFtools je dizajniran za rad na streamu. Smatra ulaznu datoteku "-" standardnim ulazom (stdin) i izlazi na standardni izlaz (stdout). Stoga se nekoliko naredbi može kombinirati s Unix pipe-om.


Dostupne verzije:

VerzijaModulSupekPadobran
1.18scientific/bcftools/1.18(error) (tick) 


Primjer korištenja

dmd.pbs
#!/bin/bash

#PBS -N bcftools-test
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/bcftools/1.18


bcftools csq -f hs37d5.fa -g  Homo_sapiens.GRCh38.110.chromosome.1.gff3.gz in.vcf -Ob -t $NCPUS -o out.bcf


  • No labels