Opis

SortMeRNA je alat za usklađivanje sekvenci za filtriranje, mapiranje i klasteriranje. Osnovni algoritam temelji se na približnim početnim vrijednostima i omogućuje osjetljivu analizu očitavanja NGS-a. Glavna primjena SortMeRNA je filtriranje rRNA iz metatranskriptomskih podataka. SortMeRNA uzima kao ulazne datoteke čitanja (fasta, fastq, fasta.gz, fastq.gz) i jednu ili više datoteka baze podataka rRNA, te razvrstava zasebno poravnata i odbijena čitanja u dvije datoteke. SortMeRNA radi s podacima Illumina, Ion Torrent i PacBio i može proizvesti poravnanja nalik na SAM i BLAST.

Verzije

VerzijaModulSupekPadobran
4.3.6scientific/sortmerna/4.3.6(error) (tick) 

Službena dokumentaicija

Primjer korištenja

smr.pbs
#PBS -N sortmerna-example
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/sortmerna/4.3.6

sortmerna --ref test_ref.fasta --reads test_read.fasta --threads $NCPUS --workdir $PBS_O_WORKDIR