Opis

RSEM je programski paket za procjenu razine ekspresije gena i izoforme iz RNA-Seq podataka. Paket RSEM pruža korisničko sučelje, podržava niti za paralelno izračunavanje EM algoritma, jednostrane i uparene očitane podatke, ocjene kvalitete, čitanja varijabilne duljine i RSPD procjenu. Osim toga, pruža posteriornu srednju vrijednost i procjene intervala vjerodostojnosti od 95% za razine ekspresije. Za vizualizaciju, može generirati BAM i Wiggle datoteke u koordinati transkripta i genomske koordinate. Datoteke genomskih koordinata mogu se vizualizirati i UCSC Genome preglednikom i Broad Institute's Integrative Genomics Viewer (IGV). IGV može vizualizirati datoteke s koordinatama transkripta. RSEM također ima vlastite skripte za generiranje dijagrama dubine čitanja prijepisa u pdf formatu. Jedinstvena značajka RSEM-a je da se dijagrami dubine očitavanja mogu složiti, pri čemu dubina očitavanja doprinosi jedinstvenim čitanjima prikazanim crnom bojom i doprinosi višestrukim čitanjima prikazanim crvenom bojom. Osim toga, modeli naučeni iz podataka također se mogu vizualizirati. Posljednje, ali ne manje važno, RSEM sadrži simulator.

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
1.3.3scientific/rsem/1.3.3(error) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer

#!/bin/bash

#PBS -N rsem-test
#PBS -l select=1:ncpus=16:mem=20GB
#PBS -q cpu_180

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/rsem/1.3.3

rsem.sh rsem-prepare-reference --gtf Homo_sapiens.GRCh38.83.gtf --bowtie Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa ref/human_ensembl -p $NCPUS