Opis

PHITS (eng. Particle and Heavy Ion Transport Code System) je aplikacija za Monte Carlo simulaciju prijenosa čestica, razvijena u suradnji između JAEA (Japan Atomic Energy Agency), RIST (The Research Organization for Information Science and Technology), KEK (The High Energy Accelerator Research Organization) te nekoliko drugih instituta.

Aplikacija provodi simulaciju prijenosa čestica kroz široki energetski raspon, a koristeći nekoliko modela nuklearnih reakcija i biblioteka nuklearnih podataka. PHITS podržava istraživanja u području tehnologije akceleratora čestica, radioterapije, kozmičkog zračenja te drugim područjima koja su povezana s fenomenima prijenosa čestica i teških iona.

Na računalnom klasteru Supek, PHITS je kompajliran s Fortran kompajlerima te koristi GNU + MPICH ili Intel + Open MPI knjižnice. Aplikacija je pripremljena s podrškom za MPI paralelizaciju, što znači da se može širiti van jednog računalnog čvora. 

Važno

Korištenje PHITS-a ograničeno je na registrirane korisnike.

Više informacija na:

Verzije

VerzijaModulIzvršna datotekaPrevodiocSupekPadobranPodrškaParalelizacija
3.31scientific/phits/3.31-gnuphits_LinGfort_MPIGNU + MPICHcheck mark button (error) CPUMPI
scientific/phits/3.31-intelphits_LinIfort_MPIIntel + Open MPIcheck mark button (error) 
3.33scientific/phits/3.33-gnuphits_LinGfort_MPIGNU + MPICHcheck mark button (error) 
scientific/phits/3.33-intelphits_LinIfort_MPIIntel + Open MPIcheck mark button (error) 

Službena dokumentacija

Primjeri

Primjer input datoteke

phits.in 
[ T i t l e ]
minimized input file for lecture

[ P a r a m e t e r s ]
 icntl    =           0     # (D=0) 3:ECH 5:NOR 6:SRC 7,8:GSH 11:DSH 12:DUMP
 maxcas   =          50     # (D=10) number of particles per one batch
 maxbch   =           2     # (D=10) number of batches

[ S o u r c e ]
   s-type =   1             # mono-energetic axial source
     proj =  proton         # kind of incident particle
      dir =   1.0           # z-direction of beam [cosine]
       r0 =   0.            # radius [cm]
       z0 =   0.            # minimum position of z-axis [cm]
       z1 =   0.            # maximum position of z-axis [cm]
       e0 =   150.          # energy of beam [MeV/u]

[ M a t e r i a l ]
mat[1]    H 2  O 1

[ S u r f a c e ]
  10  so      10.

[ C e l l ]
 100     1 -1.0  -10
 101    -1        10

[ T - T r a c k ]
     mesh =  xyz            # mesh type is xyz scoring mesh
   x-type =    2            # x-mesh is linear given by xmin, xmax and nx
       nx =  200            # number of x-mesh points
     xmin =  -20.           # minimum value of x-mesh points
     xmax =   20.           # maximum value of x-mesh points
   y-type =    1            # y-mesh is given by the below data
       ny =    1            # number of y-mesh points
           -5.0  5.0
   z-type =    2            # z-mesh is linear given by zmin, zmax and nz
       nz =  200            # number of z-mesh points
     zmin =  -20.           # minimum value of z-mesh points
     zmax =   20.           # maximum value of z-mesh points
   t-type =    2            # t-mesh is linear given by tmin, tmax and nt
       nt =    1            # number of t-mesh points
     tmin =   0.0           # minimum value of t-mesh points
     tmax =   1.0           # maximum value of t-mesh points
     part =  all
   e-type =    1            # e-mesh is given by the below data
       ne =    1            # number of e-mesh points
            0.0  1000.0
     unit =    1            # unit is [1/cm^2/source]
     axis =   xz            # axis of output
     file = track_xz.out  # file name of output for the above axis
    title = Track Detection using [T-track] tally
    gshow =    3            # 0: no 1:bnd, 2:bnd+mat, 3:bnd+reg 4:bnd+lat
   epsout =    1            # (D=0) generate eps file by ANGEL

[ E n d ]


Napomena

Primjeri niže podrazumjevaju da se u direktoriju pozivanja skripte nalazi input datoteka naziva:

phits.in

Napomene

Podrazumijevano PBS ponašanje je „slobodno" razmještanje chunkova po slobodnim čvorovima.

Zbog aktualnog cray-pals buga, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit te proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.

Kako bi sigurno izbjegli bug, potrebno je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.

GNU

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 8 MPI procesa, svaki sa zatraženih 2 GiB RAM (16 GiB ukupno).

PBS script
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:mem=2gb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/phits/3.31-gnu

mpiexec phits_LinGfort_MPI

Intel

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 8 MPI procesa, svaki sa zatraženih 2 GiB RAM (16 GiB ukupno).

PBS skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:mem=2gb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/phits/3.31-intel

mpiexec phits_LinIfort_MPI
  • No labels