Opis

METABOLIC (METabolic And BiogeOchemistry anaLyses In miCrobes) je bioinformatička aplikacija otvorenog koda.

Aplikacija je zajedno sa svojim ovisnostima instalirana u Conda virtualno okruženje te kontejnerizirana. Može se širiti unutar granica čvora. 

Službena dokumentacija

Verzije

VerzijaModulPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
4.0scientific/metabolic/4.0CPUDijeljena memorija(error)check mark button

Primjeri

Ako primijetite sporo izvođenje na Padobranu, preporučuje se korištenje privremenog direktorija TMPDIR. Naime, ponekad input/output (čitanje/pisanje) može biti usko grlo u izvođenju posla.

Prije pokretanja aplikacije iz privremenog direktorija, potrebno je tamo premjestiti sve potrebne input datoteke, npr.:

cp -r * ${TMPDIR} && cd ${TMPDIR}

Po završetku izvođenja, potrebno je vratiti nazad željene output datoteke, npr.:

cp -r * ${PBS_O_WORKDIR}

Primjer korištenja

#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32:mem=16gb
#PBS -j oe

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/metabolic/4.0

cp -r * ${TMPDIR} && cd ${TMPDIR}

metabolic METABOLIC-G.pl -t ${NCPUS} -in-gn Guaymas_Basin_genome_files -o output

cp -r * ${PBS_O_WORKDIR}
  • -t predstavlja broj traženih procesorskih jezgara iz zaglavlja skripte
  • -in-gn predstavlja putanju do direktorija koji sadrži datoteke s genomima / sekvencama nukleotida (fasta datoteke)
  • -in predstavlja putanju do direktorija koji sadrži datoteke s proteinima / sekvencama aminokiselina (faa datoteke)
    • u primjeru gore, nalazi se u radnom direktoriju
  • -o predstavlja direktorij koji će se automatski kreirati te u koji će se pohranjivati izlazni podaci aplikacije
    • u primjeru gore, nalazi se u radnom direktoriju