Opis

GTDB-Tk je softverski alat za dodjeljivanje objektivnih taksonomskih klasifikacija genomima bakterija i arheja na temelju taksonomije baze podataka genoma (GTDB). Osmišljen je za rad s najnovijim dostignućima koja omogućuju dobivanje stotina ili tisuća genoma sastavljenih od metagenoma (MAG) izravno iz uzoraka iz okoliša. Također se može primijeniti na izoliranje i jednostanične genome.

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
2.4.0scientific/GTDBTK/2.4.9(error) (tick) 


Primjer korištenja

  • Verzija baze podataka koju gtdbtk koristi: R220
gtdbtk-Gene calling (identify)
#!/bin/bash

#PBS -N gene-calling
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=12

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/GTDBTK/2.4.0

gtdbtk.sh gtdbtk identify --genome_dir genomes --out_dir identify_dir --extension gz --cpus $NCPUS
  • baza za classify i classify_wf se nalazi pod $MASH_DB
clarify_wf.pbs
#!/bin/bash

#PBS -N gtdbtk-test
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=12

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/GTDBTK/2.4.0

gtdbtk.sh gtdbtk classify_wf --genome_dir genomes --out_dir identify --extension gz --mash_db $MASH_DB --cpus $NCPUS