E-kolegij može biti organiziran u nekoliko oblika:
- Tematski oblik organizira sadržaj e-kolegija u obliku tema, a svaka tema može imati svoj naziv i sažetak.
- Tjedni oblik organizira sadržaj e-kolegija po datumima
- Samo jedna aktivnost omogućuje uporabu e-kolegija samo za jednu aktivnost, pri čemu se odabirom naziva e-kolegija izravno ulazi u postavljenu aktivnost.
- Sažeti prikaz tema organizira sadržaj e-kolegija u obliku sažetih tema koje se mogu smanjiti na sam naslov teme ili proširiti kako bi sadržaj pojedine teme bio vidljiv.
- Grid format prikazuje se kao mreža pravokutnih ikona, svaka za jednu temu e-kolegija. Iznad ikone je vidljiv naziv teme, a odabirom pojedine ikone prikazuje se postavljeni sadržaj unutar te teme.
- Format dugmadi prikazuje se kao izbornik s brojem dugmadi ovisno o broju tema u e-kolegiju. Odabirom pojedinog dugmeta otvara se odgovarajuća tema i njezin sadržaj.
Slika: Prikaz istaknute teme u e-kolegiju
Istaknuta tema u e-kolegiju je svijetlo plave boje.
Dovršenost aktivnosti
Dovršenost pojedinih aktivnosti, kao i cijeloga e-kolegija, korisna je studentima i nastavnicima. Nastavnici mogu postavljati kriterije za završetak aktivnosti/resursa i e-kolegija te pratiti napredak svakoga studenta tijekom pohađanja e-kolegija. Studentima je omogućeno kontinuirano praćenje vlastitoga napretka samostalnim označavanjem dovršenosti aktivnosti/resursa ili ispunjenjem uvjeta koje je postavio nastavnik gdje sustav označava aktivnost kao završenu.
Rokovi i uvjeti za dovršetak aktivnosti studentima se zadano prikazuju unutar svake aktivnosti u kojoj su postavljeni, a nastavnik može postaviti da se prikazuju i na naslovnici e-kolegija (ispod naslova aktivnosti) kako bi studentima olakšali njihovo praćenje.
Za aktivnosti u kojima je postavljen uvjet da ih studenti mogu ručno označiti kao dovršene, unutar aktivnosti prikazuje se dugme za ručno označavanje aktivnosti kao dovršene (Označi kao dovršeno), a kod aktivnosti u kojima je postavljen uvjet za dovršetak prikazuje se uvjet koji student mora ispuniti (npr. pregledati sadržaj, predati rad, dobiti ocjenu ili slično) da bi aktivnost bila označena kao dovršena.
Slika: Prikaz rokova i uvjeta za dovršetak aktivnosti na naslovnici e-kolegija
Pristup
Pristup e-kolegiju može biti ograničen na korisnike upisane u određenu grupu ili korisnike kojima se dodjeljuje lozinka za e-kolegij.
Lozinku za pristup e-kolegiju nastavnik studentima daje na predavanju, a takvi e-kolegiji pored naziva kolegija imaju znak 
.
Pojedini e-kolegiji dozvoljavaju pristup gostima, a označeni su ikonom 
.
E-kolegij koji dopušta ulazak gostima s lozinkom označen je ikonom 
.
E-kolegij u kojem je omogućen samostalni upis studenata označen je ikonom 
.
Za razliku od prijavljenih korisnika koji lozinku upisuju samo prilikom prve prijave gost mora prilikom svakog pristupa e-kolegiju upisivati lozinku.
Pretraživanje sadržaja e-kolegija
Pretraživanje omogućava svim korisnicima pretraživanje sadržaja svih e-kolegija kojima imaju pravo pristupa, kao i e-kolegija u koje nisu upisani, ali su im vidljivi (npr. e-kolegiji dostupni gostima i korisnicima s odgovarajućim ovlastima) te sadržaja Tekstualnih blokova. Korisnici mogu pretraživati sav sadržaj izrađen kroz sustav Merlin kao što su osnovne informacije u e-kolegiju, sadržaj pojedinih resursa i aktivnosti, poruke u forumu, poglavlja knjige, pojmove u rječniku ili suradničke wiki stranice, ali i vanjske datoteke (.doc, .pdf i sl.).
Traženi pojam upisuje se u okvir za pretraživanje smješten na traci s izbornicima. Nastavnik može dodati i blok Pretraživanje koji ima funkcionalnost pretraživanja sadržaja.
Slika: Polje za pretraživanje
Moguće je i napredno pretraživanje korištenjem različitih filtera i uvjeta pretraživanja.
Preuzimanje sadržaja e-kolegija
Ako je nastavnik u e-kolegiju omogućio preuzimanje sadržaja, poveznica za preuzimanje sadržaja e-kolegija (Preuzmi sadržaj e-kolegija) studentima će biti dostupna odabirom izbornika Opširnije na naslovnoj stranici e-kolegija. Sadržaj će potom biti spremljen na računalo u obliku .zip datoteke. Trenutno je moguće preuzeti samo sadržaje iz resursa Datoteka, Mapa, Stranica i Oznaka.
Maksimalna veličina pojedine datoteke za preuzimanje je 512 MB.
Slika: Preuzimanje sadržaja e-kolegija
