EUKulele je python paket koji omogućuje brzu taksonomsku oznaku metagenomskih i metatranskriptomskih podataka korištenjem pristupa posljednjeg zajedničkog pretka (Last Common Ancestor -LCA) za usklađivanje uzoraka s referentnom bazom podataka.
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.0.6 | bioinfo/EUkulele/2.0.6 |
Korištenje
Sa skriptom:
Primjer je skinut sa https://eukulele.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
Bez skripte:
#!/bin/sh #$ -N EUkulele_run #$ -pe *mpisingle 10 #$ -cwd #$ -R y module load bioinfo/EUkulele/1.0.2 EUKulele --sample_dir samples_MAGs -m mags --database mmetsp --tax_table taxonomy-table.txt --protein_extension .faa --protein_map prot-map.json --ref_fasta reference.pep.fa --reference reference --CPUs $NSLOTS