Opis

QIIME 2je proširiv i decentralizirani paket za analizu mikrobioma s fokusom na transparentnost podataka i analize. QIIME 2 omogućuje istraživačima da započnu analizu s neobrađenim podacima o DNK sekvencama i završe s brojkama kvalitete objavljivanja i statističkim rezultatima.

Glavne značajke: 

  •  Integrirano i automatsko praćenje porijekla podataka
  •  Sustav semantičkog tipa
  • Sustav dodataka za proširenje funkcionalnosti analize mikrobioma
  • Podrška za više vrsta korisničkih sučelja (npr. API, naredbeni redak, grafičko)

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
2024.2scientific/qiime2/2024.2(error) (tick) 
2024.5scientific/qiime2/2024.5(error)(tick)

Službena dokumentacija

Primjer korištenja

  • Potrebno je uvijek odrediti broj jezgara za korištenje jer qiime uzima sve dostupne
  • Neki toolovi nemaju eksplicitno određivanje poput --p-n-threads opcije
q2.pbs
#!/bin/bash

#PBS -N q2
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/qiime2/2024.2

qiime2.sh qiime metadata tabulate --m-input-file metadata.tsv --o-visualization metadata.qzv
q2-dada.pbs
#!/bin/bash

#PBS -N q2-test
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/qiime2/2024.2

qiime2.sh qiime dada2 denoise-single --p-trim-left 13 --p-trunc-len 150 --i-demultiplexed-seqs fmt-tutorial-demux-1.qza --o-representative-sequences rep-seqs-1.qza --o-table table-1.qza --o-denoising-stats stats-1.qza --p-n-threads $NCPUS