Opis

QIIME 2je proširiv i decentralizirani paket za analizu mikrobioma s fokusom na transparentnost podataka i analize. QIIME 2 omogućuje istraživačima da započnu analizu s neobrađenim podacima o DNK sekvencama i završe s brojkama kvalitete objavljivanja i statističkim rezultatima.

Glavne značajke: 

•  Integrirano i automatsko praćenje porijekla podataka
•  Sustav semantičkog tipa
• Sustav dodataka za proširenje funkcionalnosti analize mikrobioma
• Podrška za više vrsta korisničkih sučelja (npr. API, naredbeni redak, grafičko)

Dostupne verzije

Verzija	Modul	Supek	Padobran
2024.2	scientific/qiime2/2024.2

Službena dokumentacija

• https://docs.qiime2.org/2024.2/

Primjer korištenja

• Potrebno je uvijek odrediti broj jezgara za korištenje jer qiime uzima sve dostupne
• Neki toolovi nemaju eksplicitno određivanje poput --p-n-threads opcije

#!/bin/bash

#PBS -N q2
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/qiime2/2024.2

qiime2.sh qiime metadata tabulate --m-input-file metadata.tsv --o-visualization metadata.qzv

#!/bin/bash

#PBS -N q2-test
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/qiime2/2024.2

qiime2.sh qiime dada2 denoise-single --p-trim-left 13 --p-trunc-len 150 --i-demultiplexed-seqs fmt-tutorial-demux-1.qza --o-representative-sequences rep-seqs-1.qza --o-table table-1.qza --o-denoising-stats stats-1.qza --p-n-threads $NCPUS