GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) je ab initio računalno-kemijska aplikacija opće namjene te posjeduje za to uobičajene QM/MM metode poput HF, DFT, GVB, MCSCF i dr.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Prevodioc | Knjižnice |
|---|---|---|---|---|---|
| September 30, 2022 R2 Public Release | scientific/gamess/22.09 | CPU | MPI + OpenMP | Cray | Cray |
Službena dokumentacija
Primjeri
Zbog načina kako je GAMESS osmišljen da radi, nužno je da na svakom čvoru ima jednak i paran broj MPI procesa.
Kako bi se za svaki MPI proces dodjelila po jedna jezgra, nužno je da su vrijednosti mpiprocs i ncpus iste.
Ukoliko ne koristite OpenMP nužno je postaviti ompthreads=1.
16 MPI procesa: 16 MPI procesa × 1 čvor
run.sge
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:mpiprocs=16:ncpus=16:ompthreads=1
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gamess/22.09
rungms.mpi input.inp
16 MPI procesa: 4 MPI procesa × 4 čvora
Kod korištenja više čvorova, nužno je koristiti place=scatter opciju koja će svaki select, odnosno chunk smjestiti na vlastiti čvor.
run.sge
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4:mpiprocs=4:ncpus=4:ompthreads=1
#PBS -l place=scatter
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gamess/22.09
rungms.mpi input.inp