Opis
ORCA je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koji nudi širok raspon metoda.
ORCA je zatvorenog koda i dolazi s Open MPI implementacijom MPI-ja.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|
4.2.1 | scientific/orca/4.2.1 | CPU | MPI * | ||
5.0.3 | scientific/orca/5.0.3 | CPU | MPI * | ||
5.0.4 | scientific/orca/5.0.4 | CPU | MPI * |
ORCA dolazi u obliku prekompajliranih izvršnih datoteka koje se povezuju na Open MPI knjižnice.
Službena dokumentacija
- https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/#
- https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal
- ORCA 5.0.4 priručnik
Primjeri korištenja na Supeku i Padobranu
Zbog nemogućnosti Open MPI-ja da iskoristi puni potencijal Supekove Slingshot mreže, odnosno nemogućnosti širenja van jednog čvora u slučaju Padobrana, potrebno je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći PBS opciju:
#PBS -l place=pack
ORCA-ina varijabla MaxCore
(definirana u input datoteci) predstavlja memorijsko ograničenje određenih ORCA-inih računskih funkcija. Premala vrijednost za složenije sustave može rezultirati prekidom izvođenja posla. Tako primjerice %MaxCore 4000
postavlja ograničenje od 4000 MB (4 GB) i primjenjuje se po procesorskoj jezgri.
Međutim, program može i zauzeti više od toga pa se savjetuje koristiti broj koji je oko 75% zatražene memorije (po selectu) u zaglavlju PBS skripte.
Broj procesorskih jezgri ili radne memorije u ulaznu (.inp
) datoteku možete unijeti ručno.
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 16 MPI procesa.
#PBS -q cpu #PBS -l select=16:mem=5000mb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/orca/5.0.4 ${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp
Prije pokretanja skripte, nužno je prilagoditi input datoteku:
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS %pal nprocs 16 end %maxcore 3750 %NEB NEB_END_XYZFILE "products.xyz" PREOPT_ENDS TRUE END * XYZfile 0 1 reactants.xyz
Kao jednostavnija alternativa, izrađena je skripta runorca.mpi
s dvije opcije, odnosno koja prima dva argumenta:
- input datoteku (obavezno)
- vrijednost MaxCore varijable (izražene u MB) (opcionalno, odnosno neobavezno)
#PBS -q cpu #PBS -l select=16:mem=5000mb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/orca/5.0.4 runorca.mpi --input hydrolysis.inp --maxcore 3750
Skripta će prije pokretanja ORCA-ine izvršne datoteke izmijeniti input u skladu sa zaglavljem i traženom MaxCore vrijednošću, pa %pal
i %maxcore
sekcije možete izostaviti iz "izvorne" input datoteke.
Skripta će implementirati korištenje TMPDIR
direktorija, što u slučaju Padobrana dodatno može značiti i postizanje boljih performansi.
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS %NEB NEB_END_XYZFILE "products.xyz" PREOPT_ENDS TRUE END * XYZfile 0 1 reactants.xyz