Korištenje

Više o korištenju aplikacije možete pročitati u praktičnom vodiču ili priručniku sa službenih stranica. Dostupni moduli na Isabelli su:

SHARC 2.1.2 je preveden korištenjem Intelovog kompajlera te Intelovih MKL knjižnica.

SHARC radi u "suradnji", tj. ima sučelja s drugim programima kao što su MOLCAS, ORCA, Gaussian, TURBOMOLE, Molpro, BAGEL i dr.

Jednostavan primjer za pokretanje posla možete preuzeti na linku sharc-gaussian.zip. Osnovna struktura radnog direktorija (iz zipanog primjera) sastoji se od sljedećih datoteka/direktorija:

• input - SHARC ulazna datoteka koji sadrži postavke te imena ostalih ulaznih datoteka (geometry, velocity, ...).
• geom - datoteka koji sadrži inicijalnu geometriju molekule (simboli, naboji te x, y i z koordinate)
• veloc - datoteka koja sadrži inicijalne brzine
• QM/
  • GAUSSIAN.resources - datoteka sučelja; sadrži postavke kao što su korišteni resursi, putanje, varijable i dr. (ovdje se primjerice definira i varijabla broja jezgara tj. ncpu)
  • GAUSSIAN.template - datoteka sučelja (dodatna ulazna datoteka) koja sadrži dodatne postavke za izračun elektronske strukture
  • runQM.sh - jednostavna skripta karakteristična za sučelje s kojim SHARC radi (npr. SHARC_GAUSSIAN.py); čita datoteku QM.in te kreira datoteku QM.out
• run.sge - SGE skripta za podnošenje posla

Primjer SGE skripte

#!/bin/bash
 
#$ -N sharc
#$ -cwd
#$ -pe test 4

export SCRADIR=${TMPDIR}

module load sharc/2.1.2

sharc.x input