Više o korištenju aplikacije možete pročitati u praktičnom vodiču ili priručniku sa službenih stranica. Dostupni moduli na Isabelli su:
Verzija | Modul |
---|---|
2.1.2 | sharc/2.1.2 |
SHARC 2.1.2 je preveden korištenjem Intelovog kompajlera te Intelovih MKL knjižnica.
SHARC radi u "suradnji", tj. ima sučelja s drugim programima kao što su MOLCAS, ORCA, Gaussian, TURBOMOLE, Molpro, BAGEL i dr.
Jednostavan primjer za pokretanje posla možete preuzeti na linku sharc-gaussian.zip. Osnovna struktura radnog direktorija (iz zipanog primjera) sastoji se od sljedećih datoteka/direktorija:
input
- SHARC ulazna datoteka koji sadrži postavke te imena ostalih ulaznih datoteka (geometry, velocity, ...). geom
- datoteka koji sadrži inicijalnu geometriju molekule (simboli, naboji te x, y i z koordinate)veloc
- datoteka koja sadrži inicijalne brzineQM/
GAUSSIAN.resources
- datoteka sučelja; sadrži postavke kao što su korišteni resursi, putanje, varijable i dr. (ovdje se primjerice definira i varijabla broja jezgara tj. ncpu
) GAUSSIAN.template
- datoteka sučelja (dodatna ulazna datoteka) koja sadrži dodatne postavke za izračun elektronske strukturerunQM.sh
- jednostavna skripta karakteristična za sučelje s kojim SHARC radi (npr. SHARC_GAUSSIAN.py
); čita datoteku QM.in
te kreira datoteku QM.out
run.sge
- SGE skripta za podnošenje poslaVarijabla |
#!/bin/bash #$ -N sharc #$ -cwd #$ -pe test 4 export SCRADIR=${TMPDIR} module load sharc/2.1.2 sharc.x input |