Description

SHARC is a computational chemistry application; ab initio MD software package developed for the study of excited state dynamics of molecules.

SHARC works in "cooperation" with other applications, i.e. it has interfaces with other programs such as MOLCAS, ORCA, Gaussian, TURBOMOLE, Molpro, BAGEL and others.

Due to more complex dependencies, the application was prepared in a container, during which a conda virtual environment was also prepared for the needs of the pysharc sub-program inside the container.

Verzije

Verzija	Modul	Podrška	Prevodioc	Matematičke knjižnice	Supek	Padobran
3.0.1	scientific/sharc/3.0.1-gnu	CPU	GNU (11.3.0)	BLAS, LAPACK, FFTW3

Službena dokumentacija

• Praktični vodič
• Priručnik

Primjer

Jednostavan primjer za pokretanje posla možete preuzeti na linku sharc-gaussian.zip.

Osnovna struktura radnog direktorija (iz zipanog primjera) sastoji se od sljedećih datoteka/direktorija:

• input - SHARC ulazna datoteka koji sadrži postavke te imena ostalih ulaznih datoteka (geometry, velocity, ...).
• geom - datoteka koji sadrži inicijalnu geometriju molekule (simboli, naboji te x, y i z koordinate)
• veloc - datoteka koja sadrži inicijalne brzine
• QM/
  • GAUSSIAN.resources - datoteka sučelja; sadrži postavke kao što su korišteni resursi, putanje, varijable i dr. (ovdje se primjerice definira i varijabla broja jezgara tj. ncpu)
  • GAUSSIAN.template - datoteka sučelja (dodatna ulazna datoteka) koja sadrži dodatne postavke za izračun elektronske strukture
  • runQM.sh - jednostavna skripta karakteristična za sučelje s kojim SHARC radi (npr. SHARC_GAUSSIAN.py); čita datoteku QM.in te kreira datoteku QM.out
• sharc.pbs - SGE skripta za podnošenje posla

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=8

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/sharc/3.0.1-gnu

export GAUSSIAN="/apps/scientific/gaussian/16-C01/g16"
export SCRADIR="${PBS_O_WORKDIR}/scratch"

sed -i "s,ncpu .*,ncpu ${NCPUS}," QM/GAUSSIAN.resources

sharc-run sharc.x input