Opis

PAL2NAL je program koji pretvara višestruki poredak sekvenci proteina i odgovarajućih sekvenci DNA (ili mRNA) u poredak kodona. Program automatski dodjeljuje odgovarajući slijed kodona čak i ako se ulazni slijed DNA ne podudara s slijedom ulaznog proteina ili sadrži UTR-ove, poliA repove. Također se može baviti pomacima okvira u ulaznom poravnanju, što je prikladno za analizu pseudogena. Rezultirajuće poravnanje kodona može se dalje podvrgnuti izračunavanju stopa sinonimne (dS) i nesinonimne (dN) supstitucije.


Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
14.1scientific/pal2nal/14.1(error) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer


#!/bin/bash

#PBS -N pal2nal-test
#PBS -l select=1:ncpus=2
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/pal2nal/14.1

pal2nal.sh pal2nal.pl  test.aln  test.nuc  -output paml  -nogap  >  for_paml/test.codon