PAL2NAL je program koji pretvara višestruki poredak sekvenci proteina i odgovarajućih sekvenci DNA (ili mRNA) u poredak kodona. Program automatski dodjeljuje odgovarajući slijed kodona čak i ako se ulazni slijed DNA ne podudara s slijedom ulaznog proteina ili sadrži UTR-ove, poliA repove. Također se može baviti pomacima okvira u ulaznom poravnanju, što je prikladno za analizu pseudogena. Rezultirajuće poravnanje kodona može se dalje podvrgnuti izračunavanju stopa sinonimne (dS) i nesinonimne (dN) supstitucije. |
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
14.1 | scientific/pal2nal/14.1 |
#!/bin/bash #PBS -N pal2nal-test #PBS -l select=1:ncpus=2 #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/pal2nal/14.1 pal2nal.sh pal2nal.pl test.aln test.nuc -output paml -nogap > for_paml/test.codon |