Opis

OrthoFinder je brza, precizna i sveobuhvatna platforma za komparativnu genomiku. Pronalazi ortogrupe i ortologe, izvodi zaključke o ukorijenjenim genskim stablima za sve ortogrupe i identificira sve događaje dupliciranja gena u tim genskim stablima. Također izvodi zaključak o ukorijenjenom stablu vrste za vrstu koja se analizira i mapira događaje umnožavanja gena od stabla gena do grana u stablu vrsta. OrthoFinder također pruža opsežne statistike za komparativne genomske analize. OrthoFinder je jednostavan za korištenje i sve što trebate za njegovo pokretanje je skup datoteka sekvenci proteina (jedan po vrsti) u FASTA formatu.

 

Slika 1: Automatska analiza OrthoFindera

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
2.5.5scientific/orthofinder/2.5.5(tick) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer

Padobran-example
#!/bin/bash

#PBS -N of-test
#PBS -l select=1:ncpus=10
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/orthofinder/2.5.5

of.sh orthofinder -f ExampleData/ -t $NCPUS