Opis
XCrySDen ((X-Window) CRYstalline Structures and DENsities) je računalno-kemijska aplikacija za vizualizaciju kristala i molekula.
Osim uobičajenih tipova datoteka, može učitavati i datoteke (inpute) računalno-kemijskih aplikacija poput Quantum ESPRESSO, Gaussian, ORCA i dr.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|
| 1.6.2 | scientific/xcrysden/1.6.2 | CPU |
Službena dokumentacija
Napomene
XCrySDen je potrebno koristiti isključivo za vizualizaciju.
Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.
U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:
ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr
U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.
Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).
Primjer korištenja
module load scientific/xcrysden/1.6.2
xcrysden --pw_inp calcite.in
