Opis
gmx_MMPBSA je računalno-kemijska aplikacija temeljena na Amber-ovom alatu MMPBSA.py, s ciljem izračuna slobodne energije s GROMACS-ovim datotekama.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju te ima pripadajuće grafičko sučelje gmx_MMPBSA_ana.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Uključuje AmberTools | Uključuje GROMACS | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1.6.2 | scientific/gmx_mmpbsa/1.6.2 | CPU | MPI | 23 | 2022.5 |  |
Službena dokumentacija
Napomene
Kako bi se aplikacija gmx_MMPBSA_ana uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.
U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:
ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr
U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.
Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).
Za izvođenje zahtjevnijih računa/analiza, potrebno je aplikaciju pokretati iz interaktivnog načina rada:
$ qsub -X -I -q cpu -l select=8
$ module load scientific/gmx_mmpbsa
$ gmx_MMPBSA_test -f ${PBS_O_WORKDIR} -n 10
Primjeri
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 16 MPI procesa.
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gmx_mmpbsa
mpiexec gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ct 3000frames.xtc -ci index.ndx -cg 18 19 -cp maoa_delta.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv