gmx_MMPBSA je računalno-kemijska aplikacija temeljena na Amber-ovom alatu MMPBSA.py, s ciljem izračuna slobodne energije s GROMACS-ovim datotekama.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju te ima pripadajuće grafičko sučelje gmx_MMPBSA_ana
.
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Uključuje AmberTools | Uključuje GROMACS | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1.6.2 | scientific/gmx_mmpbsa/1.6.2 | CPU | MPI | 23 | 2022.5 |
Kako bi se aplikacija U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:
U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja. Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding). |
Za izvođenje zahtjevnijih računa/analiza, potrebno je aplikaciju pokretati iz interaktivnog načina rada:
|
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 16 MPI procesa.
#PBS -q cpu #PBS -l select=16 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gmx_mmpbsa mpiexec gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ct 3000frames.xtc -ci index.ndx -cg 18 19 -cp maoa_delta.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv |