https://github.com/ebi-pf-team/interproscan
Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 5.39-76.0 | bioinfo/interproscan/5.38-76.0 |
Primjer korištenja
Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-cpu $NSLOTS" da se ne raširi po čitavom čvoru.
module load bioinfo/interproscan/5.38-76.0 interproscan.sh -h
Testni primjer aplikacije:
interproscan.sge
#!/bin/bash #$ -N test #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 3 module load bioinfo/interproscan/5.38-76.0 interproscan.sh -cpu $NSLOTS -i /apps/bioinfo/interproscan/5.38-76.0/test_proteins.fasta -f tsv
Važno
Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model)
qsub interproscan.sge
Panther Data nalazi se u direktoriju: /apps/bioinfo/interproscan/5.38-76.0/data/