https://github.com/ebi-pf-team/interproscan

Dostupne verzije:

VerzijaModul
5.39-76.0bioinfo/interproscan/5.38-76.0

Primjer korištenja

Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-cpu $NSLOTS" da se ne raširi po čitavom čvoru.

module load bioinfo/interproscan/5.38-76.0
interproscan.sh -h


Testni primjer aplikacije:

#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 3

module load bioinfo/interproscan/5.38-76.0
interproscan.sh -cpu $NSLOTS -i /apps/bioinfo/interproscan/5.38-76.0/test_proteins.fasta -f tsv


Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model)


qsub interproscan.sge


Panther Data nalazi se u direktoriju: /apps/bioinfo/interproscan/5.38-76.0/data/