Dostupne verzije i pripadajući moduli:

VerzijaModul
5.7.0bioinfo/TransDecoder/5.7.0

Korištenje:

Primjer je skinut sa: https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/tree/master/sample_data/simple_transcriptome_target

LongOrfs.sge
#!/bin/sh
#$ -N orfs
#$ -pe *mpisingle 2
#$ -cwd

module load bioinfo/TransDecoder/5.7.0

TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta


Predict.sge
#!/bin/sh
#$ -N predict
#$ -pe *mpisingle 2
#$ -cwd

module load bioinfo/TransDecoder/5.7.0

TransDecoder.Predict -t Trinity.fasta


TransDecoder nema mogućnost korištenja više dretvi, stoga je dovoljno zauzeti 2.


Instalacija:


mamba
source /apps/mambaforge/mamba/bin/activate
mamba create -p /apps/virtenv/TransDecoder/5.7.0 -c bioconda transdecoder
  • No labels