Opis
NAMD (engl. Nanoscale Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku, a koristi se za simuliranje velikih biomolekula, poput proteina, nukleinskih kiselina i membrana.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
CPU | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| Verzija | Inačica | Kompajler | Modul | Supek | Padobran |
| 2.14 | Multicore | GNU | scientific/namd/2.14-multicore |  | |
| 3.0b6 | Multicore | GNU | scientific/namd/3.0b6-multicore | | |
GPU | |||||
| Verzija | Inačica | Kompajler | Modul | Supek | Padobran |
| 2.14 | Multicore + CUDA | GNU |
| | |
| 3.0b6 | Multicore + CUDA | GNU |
| | |
Službena dokumentacija
Primjer ulaznih datoteka
Jednostavan primjer simulacije ATP-aze F tipa, sa svim potrebnim datotekama možete preuzeti u zip arhivi.
Temeljne konfiguracijske postavke NAMD simulacije u nalaze se u .namd datoteci.
Napomene
Wrapperi
Za aplikaciju su pripremljeni wrapperi namd2.run, odnosno namd3.run koji olakšavaju pozivanje aplikacije, preuzimajući varijable dodijeljene od PBS-a.
Primjeri PBS skripte
CPU
Multicore
Morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da aplikacija radi s dijeljenom memorijom. U primjeru niže, za aplikaciju ću se zatražiti sve zajedno:
- 32 procesorske jezgre
- 2 GiB RAM
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32:mem=2gb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/namd/2.14-multicore"
namd2.run f1atpase.namd
GPU
Multicore + CUDA
Morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da aplikacija radi s dijeljenom memorijom. U primjeru niže, za aplikaciju ću se zatražiti sve zajedno:
- 1 grafički procesor
- 32 procesorske jezgre
- 2 GiB RAM
#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=32:mem=2gb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/namd/2.14-multicore-cuda"
namd2.run f1atpase.namd