NAMD (engl. Nanoscale Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku, a koristi se za simuliranje velikih biomolekula, poput proteina, nukleinskih kiselina i membrana.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
CPU | |||||
---|---|---|---|---|---|
Verzija | Inačica | Kompajler | Modul | Supek | Padobran |
2.14 | Multicore | GNU | scientific/namd/2.14-multicore | ||
3.0b6 | Multicore | GNU | scientific/namd/3.0b6-multicore | ||
GPU | |||||
Verzija | Inačica | Kompajler | Modul | Supek | Padobran |
2.14 | Multicore + CUDA | GNU |
| ||
3.0b6 | Multicore + CUDA | GNU |
|
Jednostavan primjer simulacije ATP-aze F tipa, sa svim potrebnim datotekama možete preuzeti u zip arhivi.
Temeljne konfiguracijske postavke NAMD simulacije u nalaze se u .namd
datoteci.
Za aplikaciju su pripremljeni wrapperi |
Morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da aplikacija radi s dijeljenom memorijom. U primjeru niže, za aplikaciju ću se zatražiti sve zajedno:
#PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=32:mem=2gb cd ${PBS_O_WORKDIR} module load "scientific/namd/2.14-multicore" namd2.run f1atpase.namd |
Morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da aplikacija radi s dijeljenom memorijom. U primjeru niže, za aplikaciju ću se zatražiti sve zajedno:
#PBS -q gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=32:mem=2gb cd ${PBS_O_WORKDIR} module load "scientific/namd/2.14-multicore-cuda" namd2.run f1atpase.namd |