You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 4 Next »

Opis


Dostupne verzije i moduli

VerzijaModul
1.1.2bioinfo/TOGA/1.1.2

Korištenje

TOGA je program koji ovisno o opsegu posla i veličini gena, može biti dosta zahtjevan.

Primjer je napravljen po uzoru na : https://github.com/hillerlab/TOGA

Podaci skinuti za ovaj primjer:  - Human 2bit:  https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg38/bigZips/hg38.2bit

                                                       - Mouse 2bit:   https://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/mm10/bigZips/mm10.2bit

Detaljnije objašnjenje same komande i drugih argumenata : https://github.com/hillerlab/TOGA

TOGA.sge
#!/bin/sh
#$ -N toga_example
#$ -pe p28-mpisingle 28
#$ -R y 
#$ -cwd

module load bioinfo/TOGA/1.1.2

toga.py test_input/hg38.mm10.chr11.chain test_input/hg38.genCode27.chr11.bed hg38.2bit mm10.2bit --pn test -i supply/hg38.wgEncodeGencodeCompV34.isoforms.txt --chn 100 --cjn 10 --u12 supply/hg38.U12sites.tsv --ms --nc nextflow_config

Objasnjenje primjera

Preporučljivo je izvoditi TOGA na cijelom čvoru. Ovisno o broju poslova koje se da sa flagovima --chn i --cjn. U primjeru je sa --chn ili --chain_jobs_num dato 100 poslova, koji se relativno brzo izvode. Ovisno o tome koliko smo resursa dali u datoteci extract_chain_features_config.nf u direktoriju nextflow_config on će toliko koristiti. Isto se tako odnosi na --cjn ili --cesar_jobs_num koji koriste veliku količinu RAM memorije, ovisno o veličini genoma, tako da se treba paziti koliko se daje RAM-a po poslu kako ne bi prešlo dostupnu količinu memorije(inače poslovi se zruše i dobivaju se JAVA greške). Niže su objašnjeni detalji nextflow konfiguracije koju TOGA koristi kako bi se izvršavali poslovi.

Sadržaj nextflow_config direktorija
[mhrzenja@teran nextflow_config]$ ls -l
total 2
-rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 366 Svi  3 16:09 call_cesar_config_template.nf
-rw-r--r-- 1 mhrzenja grid 198 Svi  3 16:10 cesar_bigmem_config.nf
-rw-r--r-- 1 mhrzenja grid  71 Svi  3 16:09 extract_chain_features_config.nf


call_cesar_config_template.nf
process.executor = "local"
process.penv = "p28"
process.time = "24h"
procesor.cpus = 2 
process.memory = "6GB"
extract_chain_features_config.nf
process.executor = "local"
process.penv = "p28"
process.cpus = 2 #dajemo 2 dretve po poslu, brzo se izvode stoga je u redu dati po 2 threada na 100 poslova


cesar_bigmem_config.nf
#Dajemo 2 dretve po poslu i 6GB memorije
process.executor = "local"
process.penv = "p28"
process.memory = "4GB"
executor.cpus = 2














  • No labels